เดิม กศน.ตำบลผาทอง ตั้งอยู่ที่ทำการองค์การบริหารส่วนตำบลผาทองหลังเก่า บ้านแหน 3 หมู่ที่ 8 ตำบลผาทอง อำเภอท่าวังผา แต่เนื่องจากทางคณะกรรมการกองทุนหมู่บ้านต้องการใช้ประโยชน์ในสถานที่ดังกล่าวเป็นโรงผลิตน้ำดื่มประจำหมู่บ้าน ด้วยเหตุนี้นางสาวจินดาพร โนราช ซึ่งเป็นครูอาสาสมัครการศึกษานอกโรงเรียน ที่รับผิดชอบการประสานงานพื้นที่ตำบลผาทอง ในขณะนั้นจึงได้ทำหนังสือขออนุญาตใช้อาคารสถานที่ของศูนย์พัฒนาเด็กเล็กตำบลผาทองหลังเก่า ซึ่งตั้งอยู่ในพื้นที่บ้านแหน 1 หมู่ 1 ตำบลผาทอง อย่างเป็นทางการจากนายแสวง อะทะไชย ผู้ใหญ่บ้านบ้านแหน 1 ในขณะนั้น โดยผ่านการเห็นชอบของคณะกรรมการหมู่บ้าน ซึ่งตัวอาคารมี 2 ชั้น ชั้นล่างใช้เก็บโต๊ะ เก้าอี้ และเต็นท์ ของหมู่บ้าน ส่วนชั้นบนไม่ได้ใช้ประโยชน์ คณะกรรมการหมู่บ้านจึงอนุญาตให้ใช้ชั้นบนของอาคารศูนย์การเรียนชุมชนตำบลผาทอง จึงได้ย้ายมาทำการอยู่ในสถานที่แห่งนี้ และให้บริการจัดกิจกรรมงานการศึกษานอกโรงเรียนจนถึงปัจจุบัน ต่อมาในปีงบประมาณ ๒๕๕๓ ทางสำนักงาน กศน. โดยเลขาธิการ กศน.ได้สั่งการให้ดำเนินการปรับปรุงศูนย์การเรียนทุกตำบลให้เป็น กศน.ตำบล ดังนั้น เพื่อเป็นการตอบสนองนโยบายดังกล่าว ในวันที่ 9 กรกฎาคม 2553 จึงได้ทำพิธีเปิดป้าย กศน.ตำบลผาทอง และมีครู กศน.ประจำตำบล ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้า กศน.ตำบลผาทอง และต่อมาในวันที่ 18 พฤษภาคม 2566 กระทรวงศึกษาธิการ มีการโอนบรรดากิจการ อำนาจหน้าที่ ทรัพย์สิน งบประมาณ สิทธิ หนี้ และภาระผูกพันทั้งปวงระหว่างสำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย (สำนักงาน กศน.) สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ (สป.ศธ.) ให้ กรมส่งเสริมการเรียนรู้ (สกร.) กระทรวงศึกษาธิการ จึงส่งผลให้ กศน.ตำบลผาทอง ได้เปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์การเรียนรู้ระดับตำบลผาทอง (ศกร.ตำบลผาทอง) จนถึงปัจจุบัน